农产品销售增值税优惠：一是生产环节：单位或个人销售自产初级农产品免征增值税;农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同销售自产农产品免征增值税。二是流通环节：从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税;对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。免征增值税的鲜活肉产品，是指猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅及其整块或者分割的鲜肉、冷藏或者冷冻肉，内脏、头、尾、骨、蹄、翅、爪等组织。免征增值税的鲜活蛋产品，是指鸡蛋、鸭蛋、鹅蛋，包括鲜蛋、冷藏蛋以及对其进行破壳分离的蛋液、蛋黄和蛋壳。上述产品中不包括《中华人民共和国野生动物保护法》所规定的国家珍贵、濒危野生动物及其鲜活肉类、蛋类产品。
上述不论是生产环节免征增值税，还是流通环节免征增值税，销售方都不能开具增值税专用发票。在购买方的抵扣上，根据《财政部国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号）规定，取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%（或10%）的扣除率计算进项税额。但纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。但对从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%（或10%）的扣除率计算进项税额。
由此可见，农户自产农产品，由收购方开具收购发票，收购方直接按收购金额计算抵扣;从农产品生产单位购买其自产农产品以及农民专业合作社购买其社成员生产的农业产品，虽然取得的是免税发票，但可以按照发票金额计算抵扣;批发、零售单位销售的免税农产品，不能计算抵扣;但对小规模纳税人批发零售免税农产品，按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税，并开具了增值税发票的，可以按发票不含税金额计算抵扣。但对3%的增值税应当进项税转出。
