东晋南北朝
在西晋内乱的时候，晋室分裂，国力空虚，晋朝的军事力量消耗殆尽。北方的异族纷纷建立了自己的国家，异族对北方汉族大肆杀戮，北方陷入混乱，史称“五胡乱华”。北方的汉人大量南迁，史称“衣冠南渡”，从此西晋逐渐走向灭亡之路。
晋元帝司马睿渡江，定都建康，建立东晋。司马皇族的权力一落千丈，甚至出现了"王与马，共天下"。接下来的东晋皇帝受限于士族，已经名不符实了，并无实权。
元熙二年（420），宋公刘裕废除晋恭帝，建立刘宋，刘裕为证明自己是蜀汉后裔，一雪前耻。下令诛杀司马姓氏的人，司马家族的人四处逃亡，甚至有的还逃亡出海外。
司马家族得天下一百五十五年，晋武帝大封藩王，晋惠帝稳定不住局势，发生了宗室内乱，外敌侵扰，军事力量消耗殆尽。司马皇族失去了控制天下的权力，一步步丧失皇权，宋公刘裕废晋恭帝，下令诛杀司马全族，导致司马家族四处逃亡。
侯景之乱：侯景率军渡过长江，兵锋直指梁朝的都城建康，也就是今天的南京。梁朝调集各地军队，与侯景叛军在建康一带交战。侯景在围困台城时，“纵兵杀掠，交尸塞路，富室豪家，恣意裒剥，子女妻妾，悉入军营”，他甚至宣称屠杀政策，通过这种方式来立威，“若破城邑，净杀却，使天下知吾威名！”此后更让人意外的是，梁朝的勤王军队也没闲着，大肆杀掠百姓，甚至比侯景的手段还狠毒。经过侯景之乱，昔日繁荣富庶的江东地区，变成另一幅景象，“千里绝烟，人迹罕见，白骨成聚如丘陇焉”。建康（南京）28万户居民死亡十之八九，按每户两口人统计，至少50万人死亡。
这是一场对南迁汉族⽂明摧毁性的打击，华夏⽂明⼏乎绝种。
五代十国杨吴
杨吴（902年—937年），是五代十国时期的十国政权之一。为杨行密所建，有二都，分别为西都金陵府（今江苏南京）以及东都江都府（今江苏扬州）。
但杨行密死后不久，大将徐温就控制了杨吴的实权，使杨吴君主沦为了傀儡。
公元942年（南唐升元六年），李昪将杨氏子孙迁到海陵，吴人称他们居住的地方为永宁宫，派兵严守，阻绝外人进入。时间久了，杨氏男女自为匹配，吴国人很可怜他们。
公元956年（后周显德三年），后周世宗柴荣征伐淮南，下诏安抚杨氏子孙，李璟听说后，担心杨氏作乱，便派人将杨氏族人全部杀害。后周先锋都部署刘重进得到杨氏的玉砚、马脑碗、翡翠瓶上献，杨氏绝嗣。
两宋金军火烧健康。
1130年，北宋灭亡后第四年、南宋建炎四年，金军掠夺宫廷上万宫女妃子之后，火烧建康，3日屠杀17万居民，仅剩十分之一。不久，民族英雄岳飞收复建康。
清洪秀全攻打南京。
1853年洪秀全太平军攻下南京。按照上帝教的教义，属于“妖孽”的满人必被杀死，于是八旗连满族妇女“俱登城佐守”。太平军“屠驻防婴孺无遗，复驱隐匿之妇女出聚宝各门尽于桥上杀之，河水皆赤”。《金陵省难纪略》记载为：“数百万生灵，城初破死者盖已不下数十万矣。”
天京事变
1856年，不甘心当傀儡的洪秀全对大权在握的杨秀清下毒手，他命令另一个天国高管韦昌辉来做掉杨秀清，这就是“天京事变”。在这次政变中又有两万南京城军民遭到清洗。
湘军与太平军：1864年7月19日，湘军掘地道轰塌太平门城垣20余丈，蜂拥抢入。太平军“舍命抗拒”，与敌鏖战3个小时，终因寡不敌众，湘军破城。接着，神策门、聚宝门、水西门、汉西门均被攻破。天京城终于陷落。太平军与敌人展开了惨烈的巷战。数百名留在天京各府、衙、馆里的太平天国官员及其家属，集体自焚。20日凌晨，李秀成带幼主洪天贵福突围出城。突围中，章王林绍璋战死，洪仁发死于乱军之中，洪仁达被俘遇害。至21日，城内太平军将士万余人，全部壮烈牺牲，无一降者。入城湘军，肆意焚掠，繁华的古都南京顿成瓦砾。湘军屠城后，“秦淮长河，尸首如麻”，而十之八九为老幼妇孺。
民国国民党时期
清灭亡后，中华民国成立，蒋介石在南京当政后开始屠杀异己，在雨花台这个刑场，屠杀共产党人和革命群众达10万之多。
其中，有我党的早期领导人邓中夏、恽代英、罗登贤，有刘少奇的第一位夫人何保珍、党的一大代表陈潭秋的妻子徐全直，有毛泽东介绍入党的毛福轩、曾任新四军秘书长的朱克靖、八路军359旅政治部副主任刘亚生等等。
抗战时期
中华民国在南京保卫战中失利、首都南京于1937年12月13日沦陷。侵华日军占领了南京，随即对南京手无寸铁的民众以及放下武器的战俘进行惨绝人寰的大屠杀，屠杀加上抢劫、强奸和纵火，持续了六周，累积30万国人罹难，这就是震惊中外的南京大屠杀。
